Si el vehículo se ha dado de baja definitiva, sólo tienes que pagar los trimestres en los que haya estado de alta. Es decir, si le diste de baja en abril, supongamos, tendrías que pagar el primer trimestre y el segundo, si es antes de marzo, como comentas, sólo pagarías el primero.
Es decir, los trimestres se pagan COMPLETOS, pero el año no si el vehículo se ha dado de baja. Sólo hay tres supuestos en los que no se paga el año completo, que son cuando se compra ese vehículo por primera verz, que se hace desde el trimestre en que se compró (obviamente si se compra en el primer trimestre, se paga todo el año), cuando se le da la baja definitiva o en bajas temporales por robo.
Si se ha dado de baja definitiva, deberías ir a tu Ayuntamiento con un justificante de esa baja, el recibo que te han mandado, y que te lo anulen y saquen el correcto con el periodo que realmente tienes que pagar.
También puedes pagarlo entero y hacer un escrito por "devolución de ingresos indebidos", pero no te lo aconsejo porque los Ayuntamientos les suele costar trabajo soltar la pasta una vez cogida.
Para más detalles, aquí lo explica todo muy bien:
http://www.fiscal-impuestos.com/el-impu ... nica.hmtl+