CAMBIO DE MOTOR POR UNO NUEVO Y EL TURBO NO TIRA

Muy buenas, tengo un citroen C4-110-Hdi, por una rotura muy chula tenia dos opciones comprarme un coche nuevo o cambiar el motor por uno de desguace, opte por poner un motor de desguace con muchos menos quilometros que mi anterior motor, el motor pertenecia a un peugot 306 (creo entender que el motor es el mismo). El caso que despues de reparar el motor y gastarme 2000€ en mano de obra y demas el turbo del coche no me tira, en 1ª,2ª y 3ª no me tira del todo mal le falta algo de fuerza pero va bien, el problema lo tengo al entrar en carretera, en las cuestas se queda medio muerto, la 4ª y la 5ª no tiran nada de nada solo en recta con algo de inclinacion la carretera deja de tirar y pierde velocidad. Lo volvi a llevar al taller y me dijeron que el turbo tiene como una plumilla que va mal y que la centralita del coche no deja que entre la presion o fuerza necesaria, me dicen que cambie el turbo... No me fio porque estos mismo me dijeron que podia ser el catalizador y no era. Mi pregunta es que si al ser la centralita y mi turbo del anterior motor, podria ser que al tener otro motor nuevo el coche no reconozca el turbo y por eso impida la entrada de fuerza¿??? A todo esto no tengo ni idea de coches. Gracias 
